North American Harvard Mk IIb

Fra starten i januar 1955 fik flighten stillet to Harvard, 31-320 og 31-325, til rådighed af Stationsværkstedet. De piloter, der ikke allerede havde status, blev omskolet. Der udførtes et mindre antal fotoflyvninger med en våbentekniker i bagsædet, hvorfra han betjente et håndholdt K-24-7 kamera. Flyene udgik efterhånden, som der kom (R)F-84G'ere på "linen".

Republic (R)F-84G Thunderjet

Fighter Reconnaissance/Photo Reconnaissance (FR/PR) Flighten blev oprettet 1. januar 1955, og i begyndelsen rådede man kun over tre (R)F-84G. Efter godt én måned fik man et fjerde fly og i begyndelsen 1956 yderligere to fly. I december 1956 kom yderligere to RF-84G'ere, som ikke blev ombygget til (R)F-84G, på grund af den forestående indfasning af RF-84F. 

Republic RF-84F Thunderflash 

Gennem våbenhjælpen blev Danmark tildelt fabriksnye RF-84F Thunderflash. Dette fly var et til formålet konstrueret rekognosceringsfly med et stort udvalg af kameramuligheder. De første fem fly kom til Flyvestation Karup den 25. april 1957. Officielt blev flyene (KA-A til KA-E) overdraget til Foto-flighten den 3. maj 1957, og de blev fulgt op af endnu tre stykker den 6. juni, og de to sidste tilgik den 1. august.

FBA-eskadrille 729 på Flyvestation Skrydstrup blev 1. marts 1960 nedlagt i forbindelse med omstrukturering i Flyvevåbnet og samme dato blev Foto-flighten tildelt eskadrillenummer 729. 

I sommeren 1961 mistede Eskadrille 729 to RF-84Fere (KA-A og KA-F) med få måneders mellemrum, og da man også havde mistet et fly (KA-E) i 1958, var man nu nede på syv fly. For at kunne opretholde beredskabet anskaffedes syv brugte RF-84F fra U. S. Air Force, som stod parkeret på Davis-Monthan AFB, Tucson, Arizona. I 1963 anskaffedes fem brugte RF-84Fere fra det franske flyvevåben. De tre sidste RF-84Fere blev udfaset den 31. december 1971. 

SAAB RF-35/TF-35 Draken 

I 1968 bevilligede finansudvalget de nødvendige midler til anskaffelse af 46 SAAB Draken, heraf 20 ensædede RF-35og 3 tosædede TF-35 til Eskadrille 729 som afløsning for RF-84Feren. De to første RF-35, AR-102 og AR-103, ankom direkte fra fabrikken i Linköping den 25. maj 1971 fløjet af hhv. VIT og VAD. Resten af året ankom der et sted mellem 1 og 4 fly pr. måned. Den første TF-35, AT-152 ankom 24. juni 1971 fløjet af VAD. 

I forbindelse med lukningen af Eskadrille 725 i 1991 overgik et antal F-35ere og TF-35ere til Eskadrille 729. 

Sidste flyvning med Draken i Eskadrille 729 og det danske Flyvevåbnet var 21. december 1993. Der blev fløjet en afskedsformation med 6 fly (AR-107, -110, -114,-116, -120 og AT-160) og eskadrillechef SUM som Lead, og han landede kl. 11:16 i AR-107 som sidste mand.